La neumonía atípica se refiere a la neumonía causada por ciertas bacterias a saber: Legionellapneumophila, Mycoplasma pneumoniae y Chlamidia pneumoniae. Aunque las neumonías atípicas comúnmente han sido asociadas en conjunto con formas de neumonías más leves, la neumonía debido a Legionella, en particular, puede ser muy severa y llevar a que se presenten altas tasas de mortalidad.

La neumonía atípica debido a Micoplasma y Clamidia normalmente causa formas más leves de neumonía y se caracteriza por un curso de síntomas más prolongado a diferencia de otras formas de neumonía que pueden aparecer más rápidamente con síntomas tempranos más severos.

La neumonía por Micoplasma afecta usualmente a la gente más joven y puede estar asociada con manifestaciones fuera de los pulmones (como anemia y erupciones) y síndromes neurológicos (como meningitis, mielitis y encefalitis). Las formas severas de este tipo de neumonía han sido descritas para todos los grupos de edades.

La neumonía por Clamidia ocurre todo el año y representa del 5 al 15% de todas las neumonías. Normalmente es leve y presenta una tasa de mortalidad baja. En contraste, la neumonía atípica debido a Legionella representa del 2 al 6% de las neumonías y tiene una tasa de mortalidad más alta. Las personas de edad, los fumadores y las personas que padecen enfermedades crónicas y tienen sistemas inmunes debilitados se encuentran en un riesgo mayor para este tipo de neumonía. Asimismo, el contacto con sistemas de aireación contaminados (como sistemas de aire acondicionado infectados) ha sido asociado con la neumonía debido a Legionella.