En el síndrome de Goodpasture, se depositan anticuerpos en el glomérulo del riñón y en los alvéolos pulmonares, provocando glomerulonefritis y sangrado pulmonar. La causa exacta de esta enfermedad se desconoce, pero se sabe que es una enfermedad autoinmune (acción del sistema inmune contra los tejidos normales del cuerpo). Algunas veces, una infección respiratoria viral o la inhalación de solventes de hidrocarburos provocan esta enfermedad. En estos casos, es posible que el sistema inmunológico ataque órganos o tejidos porque los confunde con estos virus o químicos extraños. Existe una predisposición hereditaria al síndrome de Goodpasture y los investigadores creen que los genes responsables afectan la manera en la cual el sistema inmune reacciona ante algunos invasores, lo que incrementa las probabilidades de confundir los pulmones y riñones. Los dépositos de anticuerpos en los pulmones causan sangrado dentro de los tejidos del pulmón trayendo como consecuencia esputo con sangre, el cual puede ser uno de los primeros síntomas de la enfermedad. Entre otros síntomas tempranos se encuentran la excreción de proteínas y sangre en la orina y la enfermedad progresa rápidamente hacia la insuficiencia renal. También se puede presentar anemia por deficiencia de hierro, como también anemia que se asocia con la insuficiencia renal y que puede ser peor de lo esperado, considerando la extensión del daño renal.
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