El tratamiento de la trombosis venosis profunda está dirigido a evitar el desarrollo de un émbolo pulmonar y evitar su recurrencia. Durante años, el tratamiento estándar ha sido un medicamento anticoagulante denominado heparina que se administra a través de la vena, el cual produce anticoagulación y tratamiento del coágulo relativamente inmediatos. Junto con la heparina, se suministra un medicamento oral denominado warfarina; dado que ésta última por lo general toma varios días para alcanzar su efectividad (hasta cuando alcanza el nivel terapéutico), se continúa la heparina hasta cuando la warfarina es terapéutica durante al menos 24 horas. Luego se continua la warfarina por lo general durante aproximadamente seis meses, aunque existe algún debate acerca de la duración óptima de la terapia. En casi todos los casos no se debe iniciar la warfarina hasta cuando no se haya comenzado con la heparina. Debido a que la heparina se administra como una infusión intravenosa continua, requiere hospitalización; sin embargo, en algunas circunstancias, se pueden utilizar algunas formas de heparina más nuevas, conocidas como heparina de bajo peso molecular (por lo general enoxaparina). Esta heparina se puede suministrar mediante inyección una o dos veces al día y por lo tanto, puede acortar o eliminar la necesidad de hospitalización. La warfarina produce un aumento en el tiempo de coagulación conocido como el TP, el cual se monitorea para determinar si la sangre está anticoagulada de manera suficiente. Una medida conocida como el INR estandariza las mediciones de TP entre los laboratorios; para la mayoría de los pacientes se ajusta la warfarina para conservar el INR entre 2 y 3.
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