Esta condición de por sí no se puede prevenir, pero sí algunas de sus complicaciones.

La persona debe comunicar al médico cualquier antecedente de enfermedad valvular cardíaca o enfermedad cardíaca congénita antes de someterse a cualquier tratamiento odontológico o médico.

Los procedimientos odontológicos, como la limpieza y cualquier otra práctica invasiva, pueden introducir bacterias en el torrente sanguíneo que pueden infectar una válvula mitral lesionada, ocasionando endocarditis. Para las personas con prolapso de válvula mitral con suficiente evidencia de un amplio grado de regurgitación, se recomienda la profilaxis con antibióticos (suministro de antibióticos para prevenir la infección en lugar de esperar a que la infección se desarrolle). Otros médicos recomiendan los antibióticos cuando se ha confirmado la presencia de un prolapso de la válvula mitral que va de moderado a severo y cuando se siente un "clic" al hacer la auscultación.