En algunos casos la fibrilación auricular puede requerir tratamiento de emergencia para convertir la arritmia en un ritmo normal (sinusal), ya sea mediante cardioversión eléctrica o mediante la administración de medicamentos intravenosos como dofetilide o ibutilide. El tratamiento a largo plazo varía según la causa de la fibrilación o flúter auricular. Los medicamentos pueden incluir beta-bloqueadores, bloqueadores del canal de calcio, digitálicos u otros medicamentos (tales como agentes antiarrítmicos) que hacen más lento el latido cardíaco o hacen más lenta la conducción del impulso de las aurículas a los ventrículos. Los medicamentos también pueden incluir diluyentes de la sangre como heparina o cumadina para reducir el riesgo de un evento tromboembólico como un accidente cerebrovascular. Algunos pacientes selectos con fibrilación auricular, tasas cardíacas rápidas e intolerancia a los medicamentos pueden requerir un procedimiento con catéter en las aurículas denominado ablación con radiofrecuencia. Para la mayoría de los pacientes con flúter auricular, la ablación con radiofrecuencia es el tratamiento elegido en la actualidad. Algunos pacientes con fibrilación auricular y tasas cardíacas rápidas pueden necesitar que la ablación con radiofrecuencia se haga no en las aurículas sino directamente en la unión AV (es decir, el área que normalmente filtra los impulsos que vienen de las aurículas antes de que prosigan hacia los ventrículos). La ablación de la unión AV lleva a un bloqueo cardíaco completo. Estos pacientes requieren entonces un marcapasos permanente.
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