Para el tratamiento de los abscesos intraabdominales se requiere terapia antibiótica intravenosa y drenaje. En ocasiones, el drenaje puede llevarse a cabo percutáneamente, lo cual implica introducir una aguja a través de la piel hasta la cavidad del absceso, usualmente con la guía radiológica. El drenaje se puede dejar puesto por días o semanas hasta que se resuelva el absceso. En ocasiones, es imposible acceder al absceso por vía percutánea de manera segura, situación en la que la cirugía es necesaria. En el quirófano, primero se induce la anestesia y luego se realiza una incisión en el abdomen, tras lo cual se drena el absceso y se deja un drenaje en la cavidad del absceso hasta que la infección se resuelve. Cualquiera sea el método de drenaje utilizado, lo importante es identificar y tratar la condición subyacente causante del absceso.
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