Se requiere una dieta libre de gluten de por vida para permitir la recuperación de las vellosidades intestinales. Los alimentos que contienen trigo, centeno, avena y cebada tienen que ser eliminados de la dieta. Se deben leer las etiquetas de los alimentos y drogas con sumo cuidado para verificar las fuentes "ocultas" de gluten; a menudo esto incluye las palabras "proteína vegetal" o "proteína de las plantas" (tales como ptv - proteína con textura vegetal). Otras fuentes ocultas de gluten son los derivados de los granos, como malta, almidón modificado de los alimentos, salsa de soya (algunos tipos), vinagre de granos (o "vinagre destilado") y algunos aglutinantes, rellenos y condimentos.

Es posible que el paciente necesite suplementos de vitaminas y minerales para corregir las deficiencias nutricionales.

En ocasiones, se pueden requerir también corticosteroides (tales como la prednisona).

Es posible ayudar a aliviar el estrés de un trastorno crónico como la enfermedad celíaca uniéndose a grupos de apoyo, en los que los miembros comparten experiencias y problemas comunes.

Si no se trata, el trastorno puede producir complicaciones que hagan peligrar la vida del paciente. Los síntomas suelen desaparecen al cabo de varias semanas del inicio de una dieta libre de gluten, la cual debe seguirse continuamente o los síntomas pueden regresar.

Las deficiencias de vitaminas y minerales, como el raquitismo y la osteomalacia, son complicaciones comunes; otras incluyen los trastornos del páncreas, daño a los nervios, infertilidad y abortos. Las personas con enfermedad celíaca pueden correr un mayor riesgo de sufrir linfoma y cánceres intestinales.

Se debe buscar asistencia médica si se desarrollan síntomas que puedan sugerir una enfermedad celíaca.

Una cita con un nutricionista o un dietista registrado puede ayudar a determinar los lineamientos dietéticos y a encontrar alimentos saludables. Muchas comunidades tienen grupos de apoyo, como la Fundación para la Enfermedad Celíaca (Celiac Disease Foundation), los cuales son una buena fuente de información acerca de la dieta adecuada para quienes sufren esta condición.