Cuando se extirpan quirúrgicamente áreas del intestino delgado, es posible que no quede un área de superficie suficiente en el intestino restante para absorber adecuadamente los nutrientes de los alimentos. Es probable que esta condición se desarrolle particularmente cuando se extirpa la mitad del intestino o más durante una cirugía. Los factores de riesgo son las enfermedades del intestino delgado que pueden requerir intervención quirúrgica tales como enteritis regional o la enfermedad de Crohn. La enterocolitis necrosante es una causa común de este síndrome en los niños.
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