Los medicamentos pueden controlar el proceso inflamatorio. La terapia inicial se hace usualmente con 5-aminosalicilatos orales y en caso de que esto no sea efectivo o se trate de un caso severo, el tratamienmto puede requerir corticosteroides e inmunomoduladores (azatioprina, 6-mercaptopurina). Los antibióticos se prescriben para el tratamiento de abscesos y fístulas, en caso de que estos se presenten. El infliximab (anticuerpo contra un químico inmune llamado TNF-alfa que provoca inflamación) es efectivo para pacientes con fístulas y enfermedad de moderada a severa. En caso de que la terapia médica no sea efectiva, puede ser necesario realizar una cirugía para resecar el segmento con estenosis o enfermo o para drenar un abceso. Sin embargo, a diferencia de la colitis ulcerativa, la resección de una porción enferma del intestino no es curativa. Los cambios en la dieta pueden aliviar los síntomas (consultar con el médico o el nutricionista). Es importante un consumo adecuado de calorías, vitaminas y proteínas. Se deben evitar los alimentos que empeoran la diarrea u otros síntomas. Los problemas alimentarios específicos pueden variar de persona a persona. Aquéllas que tienen una obstrucción intestinal deben evitar las frutas y los vegetales crudos. Algunas personas tienen dificultad al digerir lactosa (el azúcar de la leche) y necesitan evitar los productos lácteos.
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