El objetivo del tratamiento es controlar los ataques agudos, prevenir los ataques recurrentes y favorecer la recuperación del colon. En ataques severos, con frecuencia se requiere hospitalización. Se prescriben corticosteroides para reducir la inflamación. Entre las opciones de terapia médica para disminuir la frecuencia de los ataques se pueden mencionar los 5-aminosalicilatos como la mesalamina y los inmunomoduladores como azotioprina y 6-mercaptopurina. La extirpación del colon es curativa y acaba con la amenaza de que se presente cáncer de colon. A los pacientes se les puede practicar una ostomía o el procedimiento de anastomosis entre el ano y la bolsa de íleon, un procedimiento que conecta el intestino delgado con el ano y lograr el funcionamiento normal del mismo.
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