Es una complicación de la terapia con antibióticos que causa una inflamación severa (irritación e hinchazón con presencia de células inmunes en exceso) en áreas del colon.

Casi todos los antibióticos pueden causar la enfermedad. El Clostridium difficile, normalmente presente en el intestino, crece excesivamente con la ingestión de antibióticos. Las bacterias liberan una potente toxina responsable de los síntomas. El revestimiento (mucosa) del colon se desgasta y presenta sangrado. Los factores de riesgo son el uso de los antibióticos, la quimioterapia para el cáncer, la edad avanzada, una cirugía reciente y antecedentes de colitis seudomembranosa.

La ampicilina es el antibiótico más usado para combatir esta enfermedad en los niños. La colitis seudomembranosa es rara en niños menores de 12 meses, gracias a la presencia de los anticuerpos maternos.