El objetivo del tratamiento es aliviar la obstrucción. Durante un CPRE, se pueden retirar los cálculos, usando un endoscopio y, en algunos casos, se requiere cirugía para desviar la obstrucción. La vesícula biliar generalmente se extirpa en caso de que la obstrucción biliar se deba a cálculos biliares. Para dicha obstrucción frecuentemente se prescriben antibióticos en caso de sospecharse la presencia de una infección.

Cuando se presenta obstrucción causada por cáncer, se puede requerir la dilatación endoscópica (con el uso de un endoscopio) o percutánea ("a través de la piel") de la obstrucción, así como la colocación de un tubo de drenaje.

Si la obstrucción biliar no se corrige, puede conducir a infecciones mortales y en caso de que perdure durante mucho tiempo, se puede presentar enfermedad hepáticacrónica. La mayoría de las obstrucciones pueden tratarse con endoscopias o con cirugía. Las obstrucciones causadas por cáncer pueden tener un resultado menos alentador.

Las complicaciones incluyen infecciones, sepsis y enfermedad hepática, como la cirrosis biliar, debido a una obstrución no tratada.

Se debe buscar asistencia médica si se notan cambios en el color de la orina o las heces, o si se desarrolla ictericia.