Un tipo de medicamentos supresores de ácido denominados inhibidores de la bomba de protones (como el omeprazol y el lansoprazol) son ahora la primera línea de tratamiento para el síndrome de Zollinger-Ellison. Estos medicamentos reducen significativamente la producción de ácido del estómago y favorecen la curación de úlceras en el estómago y en el intestino delgado, al igual que brindan alivio al dolor abdominal y a la diarrea. También se puede utilizar otro tipo de medicamentos supresores de ácido denominados bloqueadores H-2 (como la cimetidina y la ranitidina). Los bloqueadores H-2 son menos potentes que los inhibidores de la bomba de protones. La extirpación quirúrgica de un gastrinoma único se puede intentar si no existe evidencia de que éste se ha diseminado a otros órganos (como los ganglios linfáticos o el hígado). La extirpación del estómago (gastrectomía) para controlar la sobreproducción de ácido es poco común en la actualidad.
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