El objetivo del tratamiento es prevenir el avance de la enfermedad, que puede conducir a la ceguera. Debe continuarse con la terapia indefinidamente, o hasta que se presente la ceguera. Los medicamentos como ganciclovir, foscarnet y cidofovir por vía intravenosa, han mostrado que sirven para mejora la retinitis por CMV. Una vez que le paciente esté mejorando, los medicamentos se pueden tomar por vía oral. Sin embargo, algunas veces, el CMV es resistente a estas drogas. Asimismo, el ganciclovir puede acabar con los glóbulos blancos, mientras que el cidofovir y el foscarnet pueden causar daño renal. Igualmente, el ganciclovir y el foscarnet se pueden administrar como implantes intavítreos que son pequeñas cápsulas de medicamentos que se insertan quirúrgicamente en el ojo y que liberan una dosis de medicamento muy alta dentro del mismo. Los agentes orales contra el CMV se deben tomar junto con los implantes, los cuales se deben cambiar cada 8 meses. Se ha demostrado que dichos implantes sirven para reducir la progresión de la retinitis por CMV. El Fomivirsen, un medicamento recientemente aprobado por la FDA, se inyecta directamente dentro del ojo.
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