Las cefaleas en racimo pueden ser diagnosticadas por un médico sobre la base de los síntomas y el examen físico. Se pueden necesitar exámenes para descartar otras causas de los síntomas. El examen suele mostrar la ausencia de efectos neurológicos específicos, a excepción del síndrome de Horner (párpado caído o pupila pequeña de un solo lado) durante el ataque que no está presente entre un episodio y otro. (Esto puede evolucionar y convertirse en un síndrome de Horner persistente). Se puede llevar a cabo una IRM de la cabeza para descartar otra patología.
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