El sistema inmune protege al cuerpo de sustancias potencialmente nocivas tales como microorganismos, toxinas y células cancerígenas. Estas sustancias dañinas tienen proteínas llamadas antígenos en su superficie y si el sistema inmune identifica a dichos antígenos que son extraños (que no forman parte del cuerpo), atacará a estas sustancias. De la misma manera, la presencia de sangre o tejido extraño en el cuerpo puede desencadenar una reacción a la transfusión de sangre o un rechazo al trasplante. Para evitar esto, antes del procedimiento de trasplante, se "tipifica" el tejido para identificar los antígenos que contiene. Aunque la tipificación del tejido asegura que el órgano o tejido sea lo más similar posible a los tejidos del receptor, la compatibilidad nunca es perfecta. Ninguna persona tiene antígenos de tejido idénticos a otra, exceptuando los gemelos idénticos. Los medicamentos inmunosupresores son necesarios para prevenir un rechazo al trasplante o, de otra manera, el trasplante de órganos y tejidos casi siempre ocasionaría una respuesta inmune y provocaría la destrucción del tejido extraño. Sin embargo, se presentan algunas excepciones. Los trasplantes de córnea rara vez sufren un rechazo debido a que carecen del suministro de sangre y por lo tanto las células inmunológicas y los anticuerpos no llegan a la córnea para causar el rechazo. Además, los trasplantes entre gemelos idénticos casi nunca causan rechazo.
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