Los objetivos del tratamiento son reducir los síntomas y controlar el proceso autoinmune, a la vez que se mantiene la capacidad de combatir la enfermedad. Los síntomas se tratan de acuerdo con el tipo y la severidad de la enfermedad. Normalmente, las hormonas u otras sustancias que el órgano afectado produce se deben suministrar en suplementos como: los suplementos para la tiroides, vitaminas, inyecciones de insulina u otros. Los trastornos que afectan los componentes de la sangre pueden requerir transfusiones sanguíneas. Puede ser necesario tomar medidas para ayudar a la movilidad u otras funciones para los trastornos que afecten los huesos, las articulaciones o los músculos. La autoinmunidad se controla a través de la supresión balanceada del sistema inmune. El objetivo consiste en reducir la respuesta inmune contra los tejidos normales del cuerpo mientras se deja intacta la respuesta inmune frente a los microorganismos y tejidos anormales. Los corticosteroides y los medicamentos inmunosupresores (entre ellos la ciclofosfamida y la azatioprina) se usan para reducir la respuesta inmune.
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