Un examen genital revela lesiones de color carne a blanquecinas, planas o elevadas, solas o en racimos en cualquier parte de los genitales. En las mujeres, un examen pélvico puede mostrar crecimientos en las paredes vaginales o el cuello uterino y se puede efectuar una colposcopia para ver lesiones invisibles a simple vista. El tejido de la vagina y el cuello uterino se puede tratar con ácido acético para hacer visibles las verrugas y un frotis de Pap puede mostrar los cambios asociados con el VPH.
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