La causa de la endometriosis es desconocida, aunque se han propuesto un gran número de teorías. La teoría de la menstruación retrógrada dice que las células del endometrio (liberadas durante la menstruación) pueden retornar por las trompas de Falopio hacia la pelvis donde se implantan y crecen en las cavidades pélvica y/o abdominal. La teoría del sistema inmunológico sugiere que una deficiencia en este sistema permite que el tejido menstrual se implante y crezca en áreas distintas al revestimiento del útero. Otra teoría sugiere que las células que recubren la cavidad abdominal pueden desarrollar endometriosis espontáneamente. Una teoría genética propone que ciertas familias presentan factores de predisposición que conllevan a la endometriosis. Una vez las células endometriales se implantan en un tejido fuera del útero se pueden convertir en un problema, pues cada mes los ovarios producen hormonas que estimulan a las células del revestimiento uterino a que se multipliquen y se preparen para recibir un óvulo fecundado (se inflaman y engrosan). Las células endometriales fuera del útero responden de la misma manera ante esta señal, pero carecen de la capacidad de separarse del tejido donde están alojadas y desprenderse durante el siguiente período menstrual. En ocasiones, sangran un poco pero sanan y son estimuladas de nuevo durante el siguiente ciclo. Este proceso continuo produce cicatrizaciones y adherencias en las trompas y ovarios, así como alrededor de las fimbrias tubáricas (proyecciones en forma de dedos en el extremo de las trompas de Falopio). Estas adherencias pueden dificultar o imposibilitar la transferencia del óvulo desde el ovario hasta la trompa de Falopio; también pueden impedir el paso de un óvulo fertilizado desde la trompa de Falopio hasta el útero. De vez en cuando, las células en crecimiento penetran la dura cubierta del ovario y comienzan a multiplicarse. Estas células pueden acumular grandes cantidades de sangre y formar lo que acertadamente se denomina quiste ovárico de sangre (endometrioma). Se conoce de quistes que han llegado a crecer hasta el tamaño de un huevo de gallina o incluso el de una naranja, y por lo general son muy dolorosos. Con el tiempo, la sangre acumulada se oscurece, razón por la cual estos quistes suelen ser llamados 'quistes de chocolate'. La endometriosis es un problema común en las mujeres y se presenta en un estimado del 10% de ellas durante sus años reproductivos. La prevalencia puede llegar hasta un 25 a 35% en mujeres infértiles. Aunque la endometriosis suele ser diagnosticada entre los 25 y 35 años, el problema comienza alrededor del momento del inicio de la menstruación. Cuando la madre o hermana de una mujer han padecido de endometriosis, ésta corre un riesgo 6 veces mayor de desarrollar esta condición que la población general. Otros posibles factores incluyen el inicio temprano de la menstruación, los ciclos menstruales regulares y los períodos que duran 7 días o más.
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