El objetivo del tratamiento es controlar el rápido desarrollo de la Candida. Los medicamentos antimicóticos como la nistatina, el clotrimazol, el miconazol, etc. se administran durante 5 ó 10 días por vía oral (se debe ingerir la medicina después de agitarla)

En caso de que estos tratamientos no funcionen, se dispone de un medicamento de dosis única llamado Diflucan. Las condiciones o trastornos subyacentes deben identificarse y tratarse.

Es posible que el afta oral sea siempre dolorosa, pero casi nunca es una enfermedad delicada. Este trastorno puede interferir con el proceso de ingestión de alimento debido a la incomodidad que ocasiona. La infección se controla generalmente con el tratamiento, pero puede volverse recurrente. El afta puede extenderse al paladar, a la lengua, a las mejillas o a la garganta y casi nunca se extiende a otras partes del cuerpo, pero podría suceder.

Para los adolescentes y los adultos, la importancia del afta oral depende del trastorno subyacente.

• desnutrición
• esofagitis por Candida
• diseminación de la Candida al tracto intestinal, los pulmones, la piel y a otras áreas

Cuando el bebé tiene afta oral, se recomienda esperar atentamente durante un período de tiempo apropiado, ya que el afta oral no complicada a menudo es auto-limitante, pero si la condición no se resuelve en dos semanas, se debe buscar asistencia médica.

Se debe buscar asistencia médica si se desarrollan síntomas de afta oral o si la persona tiene afta oral y los síntomas empeoran, persisten a pesar del tratamiento, recurren o aparecen otros nuevos.