Aunque se desconoce la causa específica de la lengua geográfica, esta enfermedad puede ser ocasionada por alergias y posiblemente por irritación a causa de la ingestión de alimentos calientes o picantes, alcohol o tabaco. El patrón de las manchas que aparecen en la superficie lingual puede cambiar rápidamente y resulta de la pérdida de papilas gustativas (pequeñas proyecciones digitiformes en la superficie lingual), que provocan la formación de máculas en algunas áreas de la lengua, dándole un aspecto de mapa geográfico. Estas áreas desprovistas de papilas se denominan áreas denudadas, las cuales pueden persistir en la lengua durante más de un mes.
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