El colesteatoma puede ser un defecto congénito, pero se da más comúnmente como complicación de una infección crónica del oído. La inflamación prolongada y el mal funcionamiento de la trompa de Eustaquio pueden provocar una presión crónica negativa en el oído medio; esto empuja el tímpano (membrana timpánica) hacia adentro, creando un saco o quiste que se llena con células cutáneas muertas, infectándose de una manera crónica. El quiste continúa creciendo y puede erosionar el hueso mastoideo, además de los huesos del oído medio.
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