Esta disfunción puede ser causada por numerosos trastornos cerebrales, incluyendo el mal de Parkinson, la enfermedad de Huntington, la parálisis supranuclear progresiva, una degeneración corticobasal, una atrofia multisistémica, la enfermedad de Wilson y una distonia. Además, cualquier lesión al cerebro puede potencialmente causar daño a los ganglios basales, incluyendo apoplejía, anomalías metabólicas, enfermedad hepática, esclerosis múltiple, infecciones, tumores, sobredosis de drogas o efectos secundarios y trauma craneano. Cuando se presenta daño a los ganglios basales, puede ocurrir un deterioro en el control sobre ciertas funciones como el habla y el movimiento. Es posible que se presenten dificultades con el inicio, sostenimiento y suspensión del movimiento cuando esta área resulta lesionada.
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