Con frecuencia, es necesario hospitalizar al paciente para administrarle tratamiento intravenoso con antibióticos. Es necesaria una terapia de antibióticos por largo tiempo para erradicar la bacteria de las cámaras cardíacas y las vegetaciones de las válvulas. Es común una terapia de hasta 6 semanas. El antibiótico seleccionado tiene que ser específico para el germen causante de la condición, lo cual se determina mediante un cultivo sanguíneo y las pruebas de sensibilidad. Al principio, se limita la actividad a reposo en cama, para irla incrementando de forma gradual a medida que mejora la condición del paciente. No son necesarias dietas especiales (tales como una dieta baja en sal), a menos que se requiera por un trastorno cardíaco subyacente. Si se desarrolla una insuficiencia cardíaca como consecuencia de los daños a las válvulas cardíacas o si la infección se está separando en pequeños fragmentos ocasionando una serie de apoplejías, se debe recurrir a la cirugía para reemplazar la válvula cardíaca afectada.
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