La hernia diafragmática es causada por una fusión inapropiada de las estructuras durante el desarrollo fetal. Los órganos abdominales como el estómago, el intestino delgado, el bazo, parte del hígado y el riñón aparecen en la cavidad torácica. El tejido pulmonar del lado afectado no logra un desarrollo completo. Al poco tiempo de nacido, el bebé suele desarrollar una dificultad respiratoria, producto del movimiento ineficiente del diafragma y del hacinamiento del tejido pulmonar, lo cual causa un colapso. Las razones de esta condición son desconocidas. La hernia diafragmática congénita se observa en 1 de 2.200 a 1 de 5.000 nacidos vivos, con una gran mayoría de los casos (80 a 90%) presentando la condición en el lado izquierdo. Hay una tasa de recurrencia del 2% en parientes de primer grado de un paciente con esta enfermedad.
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