El estrechamiento de las arterias que suministran sangre a los intestinos ocasiona la isquemia mesentérica. Estas arterias salen directamente de la aorta, la cual es la principal arteria que sale del corazón y proporciona el suministro de sangre oxigenada a todo el cuerpo. Este problema se observa frecuentemente en pacientes con enfermedad arterial aterosclerótica ("endurecimiento de las arterias") en otro lugar, como los que tienen enfermedad de la arteria coronaria (del corazón) o con enfermedad vascular periférica. Este tipo de isquemia es más común en fumadores y en pacientes con altos niveles de colesterol sérico. Por otra parte, la isquemia mesentérica puede ser provocada por un coágulo de sangre que viaja a través del torrente sanguíneo y bloquea una de estas arterias de una manera crítica (émbolo). La fuente de estos coágulos es generalmente el corazón o la aorta. Este émbolo se desarrolla más frecuentemente en pacientes con arritmias cardíacas como la fibrilación auricular, lo cual predispone al paciente a la formación de coágulos dentro de las cámaras del corazón. Con los latidos del corazón, estos coágulos se sueltan y pueden viajar a las arterias del intestino.
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