De acuerdo con la causa de origen, el hipogonadismo puede ser "primario" o "central". En el hipogonadismo primario, los ovarios o los testículos no funcionan apropiadamente y entre algunas de sus causas se puede mencionar: cirugía, radiación, trastornos genéticos y del desarrollo, infección, enfermedad hepática y renal y ciertos trastornos autoinmunes. Los trastornos genéticos más comunes son: el síndrome de Turner, en las mujeres, y el síndrome de Klinefelter, en los hombres. En el hipogonadismo central, los centros en el cerebro que controlan las gónadas (la pituitaria y el hipotálamo) no funcionan apropiadamente y entre las causas se pueden mencionar: tumores (crecimientos), cirugía, radiación, infecciones, inflamación, trauma, sangrado, problemas genéticos, deficiencia nutricional y exceso de hierro (hemocromatosis). Una de las causas genéticas del hipogonadismo central que también produce la falta del sentido del olfato es el síndrome de Kallaman en los hombres. Los tumores más comunes que afectan la pituitaria son el craneofaringioma en niños y el prolactinoma en adultos (que lleva a la producción del exceso de prolactina, ocasionando la producción de leche entre otras funciones). Este último produce hipogonadismo, incluso sin tener un gran tamaño.
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