La enfermedad es causada por la inhalación de esporas de un hongo llamado Coccidioides immitis, que se encuentra a menudo en las regiones desérticas. Cerca de un 60% de las infecciones no causan síntomas y sólo se reconocen posteriormente por una prueba cutánea de la coccidioidina positiva.
En el 40% restante, los síntomas varían de leves a severos. Las personas con un sistema inmunológico comprometido tienden a sufrir de infecciones más graves y los individuos con SIDA corren un riesgo mayor de contraer la coccidioidomicosis pulmonar, así como la manifestación diseminada (extendida a muchos sistemas del cuerpo) y cutánea de la enfermedad. La enfermedad puede presentarse en su manifestación aguda, crónica o diseminada. La coccidioidomicosis pulmonar aguda casi siempre es leve, presenta pocos o ningún síntoma, desaparece sin tratamiento y su período de incubación es de 7 a 21 días. La coccidioidomicosis aguda es poco común; aproximadamente el 3% de las personas desarrollarán la enfermedad en un año dado, si viven en un área donde la coccidioidomicosis es común. La coccidioidomicosis pulmonar crónica puede desarrollarse unos 20 años o más después de la infección inicial que posiblemente no se haya reconocido, diagnosticado ni tratado en ese momento. Las infecciones (abscesos pulmonares) pueden formarse y romperse liberando pus (empiema) entre los pulmones y las costillas (espacio pleural). Sin embargo, la incidencia de la enfermedad crónica es incluso más baja que la forma aguda. En la enfermedad diseminada puede haber una propagación de la infección hasta los huesos, pulmones, hígado, meninges, cerebro, piel, corazón y pericardio (saco alrededor del corazón). Entre el 30 y el 50% de los afectados por coccidioidomicosis diseminada sufre de meningitis y el curso de la enfermedad puede ser rápido en los pacientes inmunosuprimidos.
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