El citomegalovirus congénito es causado cuando una madre infectada pasa el virus del CMV al feto a través de la placenta. La enfermedad de la madre puede ser subclínica (sin síntomas o asintomática) y ella puede no estar consciente de que existen problemas. La mayoría de los bebés infectados de manera congénita son asintomáticos. El bebé afectado nace con una erupción petequial característica (una erupción de finos puntos color púrpura), bazo e hígado agrandados, ictericia, inflamación de la retina, calcificaciones intracraneales (depósitos de minerales en el cerebro) y la cabeza pequeña (microcefalia). Sólo 1 de cada 10 bebés infectados congénitamente por CMV presenta estos signos.
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