El tratamiento fundamental es de soporte y puede incluir mantener las vías respiratorias permeables, observar la dificultad respiratoria y garantizar una adecuada nutrición. En caso de presentarse una dificultad respiratoria, se puede indicar soporte respiratorio incluyendo el uso de un ventilador.

Los antibióticos no parecen aumentar el nivel de mejoría. En muchos casos de botulismo infantil, el uso de antitoxina botulínica derivada de humanos puede servir. Los antibióticos no son necesarios a menos que se presente una infección secundaria como una neumonía.

Lo normal es que se presente una recuperación completa cuando se descubre la enfermedad tempranamente y se brinda el tratamiento de soporte. Los casos complicados pueden derivar en muerte o discapacidad permanente.

Puede presentarse insuficiencia respiratoria que requiera de asistencia con respirador (ventilación mecánica).

Debido a que el botulismo infantil es potencialmente mortal, se debe acudir a la sala de emergencias o llamar al número de emergencias local (911 en los Estados Unidos) de inmediato si el niño presenta uno o más de los síntomas de botulismo.