La conjuntivitis en un recién nacido puede ser causada simplemente por obstrucción del conducto lacrimal o por una irritación producida por gotas oftálmicas antibióticas administradas en el parto, pero esta condición puede ser seria si es causada por una infección.

Son muchos los organismos que pueden causar infecciones en los ojos de los recién nacidos, pero las infecciones bacterianas más comunes relacionadas con el nacimiento, y que además tienen el potencial de lesionar los ojos, son la gonorrea (Neisseria gonorrhoeae) y la Clamidia (Chlamydia trachomatis) que pueden pasar de la madre al niño durante el nacimiento.

Los virus que causan el herpes genital y oral también pueden provocar la conjuntivitis neonatal al igual que daño ocular grave. Estos virus también pueden ser adquiridos durante el paso a través del canal de nacimiento; sin embargo, la conjuntivitis por herpes es menos común que las causadas por gonorrea y clamidia.

Estos organismos son generalmente adquiridos por la madre embarazada como una enfermedad de transmisión sexual (ETS). Es posible que la clamidia sea la ETS más común en los Estados Unidos en la actualidad y la conjuntivitis clamidial en los recién nacidos es 10 veces más frecuente que la conjuntivitis por gonorrea.

Es posible que la madre no presente síntomas (asintomática) al momento del parto, pero sigue portando la bacteria o el virus capaz de causar una conjuntivitis en el recién nacido. Los bebés infectados desarrollan una secreción en los ojos entre el primer día y las dos semanas de nacidos y los párpados se tornan hinchados, rojos y sensibles.

La gonorrea puede causar perforaciones en la córnea y una destrucción muy significativa en las estructuras más profundas del ojo, mientras que la clamidia es un poco menos destructiva.

Dada la importancia de la conjuntivitis neonatal, todos los hospitales (requisito indispensable previsto por las leyes estatales) aplican, de forma rutinaria, gotas antibióticas o de nitrato de plata como la eritromicina en los ojos de los recién nacidos para prevenir la enfermedad. El nitrato de plata ya no es tan comúnmente utilizado y ha sido reemplazado por gotas oftálmicas antibióticas.