Se debe tratar la enfermedad subyacente. El tratamiento de la córnea con gotas con corticosteroides puede minimizar la cicatrización y ayudar a preservar la claridad de la córnea.

Si la queratitis intersticial se diagnostica y se trata a tiempo y en forma efectiva, se preserva la claridad corneal y por lo tanto la buena visión.

Una vez que se ha perdido la claridad corneal, se requiere un trasplante de córnea. La recuperación toma tiempo y es difícil y no tiene tanto éxito como el trasplante en la mayoría de las otras enfermedades de la córnea. La presencia de vasos sanguíneos en la córnea afectada trae glóbulos blancos hacia la córnea recién trasplantada, aumentando así el riesgo de rechazo.

El médico especialista y el oftalmólogo con experiencia en las enfermedades subyacentes hacen un seguimiento minucioso a todos los pacientes con queratitis intersticial. Cualquier empeoramiento del dolor, incremento del enrojecimiento o disminución de la visión se debe valorar de manera urgente, en especial en pacientes con trasplante de córnea.