Se cree que la irritación del noveno nervio craneano es la causa de la neuralgia glosofaríngea. Los síntomas usualmente se inician en personas mayores de 40 años de edad. En la mayoría de los casos nunca se descubre el origen de la irritación. No obstante, los tumores o las infecciones de la garganta y la boca, la compresión del nervio glosofaríngeo por parte de los vasos sanguíneos circundantes y otras lesiones en la base del cráneo pueden causar algunas veces este tipo de neuralgia (dolor de nervio).
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