El niño recibe cuidados posoperatorios en una unidad neonatal de cuidados intensivos. Se lo coloca en una incubadora para mantenerlo cálido y evitar infecciones. Se le administra oxígeno y con frecuencia requiere ventilación (respiración) mecánica. Igualmente, se le administran líquidos intravenosos, antibióticos y medicamentos para el dolor.

Se le coloca una sonda nasogástrica para mantener el estómago vacío de las secreciones gástricas y la alimentación se inicia por medio de la sonda nasogástrica tan pronto como se reanude la función intestinal. El proceso de alimentación se inicia muy lentamente y es frecuente que el niño se niegue a comer, por lo que es posible que se necesite terapia de alimentación y mucho estímulo para comer.