En los casos programados, el colon se limpia antes de la cirugía con enemas y agentes orales. La resección del intestino delgado se lleva a cabo mientras el paciente se encuentra bajo anestesia general. Se realiza una incisión en el abdomen, se extirpa la parte enferma del intestino grueso (colon) y finalmente se suturan los dos extremos sanos y se cierra la incisión. Se puede crear una abertura temporal del colon hacia la pared abdominal (colostomía) en caso de que sea necesario liberar al intestino de su trabajo digestivo normal mientras se recupera, lo cual se logra pasando el extremo proximal del colon a través de la pared abdominal y suturando sus bordes a la piel de dicha pared. Luego, se fija una bolsa de drenaje adhesiva a la piel (artefacto para la estoma) alrededor de la colostomía. Casi siempre, dependiendo en la enfermedad que se esté tratando, las colostomías son temporales y se pueden cerrar con una cirugía posterior; pero si se extirpa gran parte del intestino, la colostomía puede ser permanente. El intestino grueso (colon) absorbe la mayor parte de los líquidos de los alimentos que se digieren y cuando el colon se deriva por una colostomía, el paciente debe esperar deposiciones líquidas o blandas. Por esta razón es necesario un cuidado minucioso de la piel y una bolsa de colostomía bien ajustada para reducir la irritación cutánea alrededor de la colostomía.
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