La extirpación quirúrgica del intestino delgado se lleva a cabo mientras el paciente se encuentra bajo anestesia general. Se hace una incisión en el abdomen, se extirpa la porción afectada del intestino delgado (íleon), se unen los dos extremos sanos y se cierra la incisión abdominal. Si mientras se recupera, es necesario liberar al intestino de su trabajo digestivo normal, se puede utilizar un procedimiento llamado ostomía, por medio del cual se hace una abertura (estoma) del intestino a través de la pared abdominal. Luego, se pasa el extremo proximal (más cercano al estómago) del tejido intestinal sano a través de la pared abdominal y se suturan los bordes a la piel de la misma. Luego, se coloca una bolsa de drenaje adhesiva (dispositivo del estoma) alrededor de la abertura. En la mayoría de los casos y dependiendo del proceso patológico que se esté tratando, los estomas en el intestino delgado pueden ser temporales y se pueden cerrar posteriormente; pero si se extirpa una gran porción del intestino, la ostomía puede ser permanente. El íleon absorbe muchos de los líquidos provenientes de los alimentos. Cuando el intestino grueso se deriva por una ileostomía, el paciente debe esperar la presencia de materia fecal líquida (heces) en la bolsa de drenaje, lo cual puede hacer que la piel alrededor de la ileostomía se inflame. Esta irritación se puede reducir con un cuidado minucioso de la piel y el buen ajuste de la bolsa de drenaje.
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