Los resultados a largo plazo dependen de la condición inicial de la médula y los nervios espinales; estos varían entre desarrollo normal y varios tipos de parálisis (paraplejia), según el nivel de compromiso de la médula espinal. Con los tratamientos modernos, más del 85% de los bebés sobreviven y alrededor del 50% puede caminar.

La hidrocefalia ("agua en el cerebro") se desarrolla en alrededor del 70% de los pacientes con mielomeningocele y ya está presente en 5 a 10% de los pacientes al momento de nacer.

En el caso de los pacientes con mielomeningocele que desarrollan hidrocefalia la mayoría de los cirujanos esperan unos pocos días después de la reparación del mielomeningocele para tratar la hidrocefalia con una derivación que alivie el aumento de la presión intracraneal. Si la hidrocefalia está presente al momento de nacer y ya compromete la función neurológica del bebé, la reparación del mielomeningocele y la derivación para la hidrocefalia se hacen al mismo tiempo.

Se administran antibióticos posoperatorios de rutina para evitar la infección.

Generalmente los bebés requieren alrededor de 2 semanas en el hospital después de la cirugía. El paciente debe permanecer acostado, pero no apoyado sobre las incisiones mientras sanan; por lo general se requiere cateterización vesical.