Algunos trastornos producen un aliento específico y característico. Por ejemplo, un aliento que huele a frutas se presenta cuando el cuerpo trata de deshacerse del exceso de acetona a través de la respiración. Éste es un signo característico de la cetoacidosis (como en el caso de la cetoacidosis diabética), una condición potencialmente mortal. Un aliento con olor fecal (el aliento huele a heces) se puede presentar con el vómito prolongado, especialmente cuando existe una obstrucción intestinal. También se puede presentar temporalmente si la persona tiene puesta una sonda nasogástrica (un tubo que se coloca a través de la nariz o la boca hasta el estómago para drenar el contenido gástrico). En personas con insuficiencia renal crónica el aliento puede oler a amoníaco (también descrito como un olor parecido a la orina o a "pescado").
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