Son muchas las enfermedades y condiciones que comienzan con úlceras (lesiones) en las membranas mucosas de las encías y de la parte interna de los carrillos. Las lesiones tienen distintos orígenes, que pueden agruparse en varias categorías generales: La mayoría de las lesiones bucales son producto de una irritación mecánica (como morderse un carrillo o el uso de frenillos) e infecciones menores (enfermedad mano-pie-boca, herpangina, herpes estomatitis, aftas). Las úlceras bucales pueden ser el primer signo de SIDA con lesiones como leucoplaquia vellosa e infecciones oportunistas como candida oral. El virus del herpes suele vivir en el organismo durante años, manifestándose como úlceras bucales sólo cuando otra enfermedad eleva la temperatura corporal (fiebre) o después de un accidente (como morderse la parte interna del labio por accidente), o durante períodos de estrés. Aunque no se sabe con certeza, es posible que las aftas dolorosas no sean causadas por un virus, sino que son el resultado de un mal funcionamiento temporal del sistema inmunológico. Estas aftas son más comunes en las mujeres que en los hombres, pero puede atacar a cualquier persona sin razón aparente.
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