Las IRM no involucran radiación ionizante y hasta el momento no ha habido reportes documentados de efectos secundarios significativos en el cuerpo humano a causa de los campos magnéticos y de las ondas de radio. El agente de contraste intravenoso más comúnmente utilizado en las RM es el gadolinio, el cual es muy seguro, y aunque se han presentado reacciones alérgicas documentadas a este agente, éstas son extremedamente poco comunes. Cuando el procedimiento requiere la administración de sedantes, se presentan riesgos asociados de exceso de sedación. El técnico monitorea los signos vitales del paciente, incluyendo el ritmo cardíaco y respiratorio, en la medida de lo necesario. Sin embargo, debido a que los efectos de los potentes campos magnéticos en el feto aún no están bien documentados, a las mujeres en embarazo se les recomienda no someterse a rastreos por medio de IRM. Las IRM usualmente no se recomiendan en situaciones en las que se presente un trauma agudo, debido a que el equipo de tracción y de soporte vital no puede ingresar al área del resonador de una manera segura y porque el procedimiento toma un tiempo relativamente largo. Algunas personas se han lesionado en las máquinas de IRM por no haberse despojado de los objetos metálicos de sus ropas o porque otras personas dejaron objetos de metal en el área. Para obtener información detallada acerca de las razones por las cuales se realiza el examen y acerca de los resultados normales y anormales, se puede consultar la siguiente lista de temas específicos acerca de IRM:
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