Cuando la sonda nasogástrica avanza por la parte posterior de la garganta, existe el leve riesgo de que ésta pueda penetrar por la tráquea y no por el esófago. Si esto sucede, el niño presenta tos, sensación de ahogo y dificultad para respirar, lo cual se revierte al extraer el tubo. Existe también un leve riesgo de que algunos contenidos del estómago puedan entrar en los pulmones.

Inmediatamente después de obtenida la muestra se le realizará un examen preliminar llamado "tinción para TB" (tinción Ziehl Neelsen). Si los resultados son positivos, generalmente se comienza con el tratamiento inmediatamente. Sin embargo, un resultado negativo, no descarta la tuberculosis.

Debido a que el crecimiento de la bacteria que causa la tuberculosis toma un largo tiempo, los resultados finales del examen pueden demorar hasta 6 semanas. El médico decidirá si comienza tratamiento antes de conocer los resultados finales.