Los riesgos de la muestra de las vellosidades coriónicas son sólo ligeramente más altos que los de la amniocentesis. La pérdida fetal ocurre en casi un 2% de los casos. A continuación, se menciona una lista de posibles complicaciones:

• Ruptura de membranas (ruptura de la membrana amniótica)
• Aborto espontáneo
• Infección
• Sangrado
• La madre presenta incompatibilidad Rh
• Contaminación de la muestra con células maternas

• Este procedimiento puede asociarse con un aumento del riesgo de anomalías en las extremidades del feto, aunque éste parece ser muy bajo (1 en cada 3.000) cuando se practica la muestra de las vellosidades coriónicas después de las 10 semanas de embarazo.
• Después de este examen, si la sangre es Rh negativo, la paciente puede recibir RhoGAM para evitar la incompatibilidad Rh.
• De dos a cuatro días después de la muestra la paciente se programa un ultrasonido de seguimiento a fin de asegurase de que el feto ha sobrevivido al procedimiento.

La paciente debe informar al médico de cualquier síntoma de complicaciones que el procedimiento pueda haber causado, como pueden ser los siguientes:

• Sangrado excesivo
• Secreción vaginal excesiva
• Fiebre
• Aborto