Los resultados negativos son normales, sin embargo, la infección temprana por VIH (llamada infección aguda por VIH o infección primaria por VIH) a menudo está asociada con un resultado negativo.

Una prueba ELISA positiva siempre va seguida de una prueba confirmatoria llamada Western blot, que de ser positivo es generalmente considerada como concluyente para una infección del VIH; mientras que el negativo no necesariamente la descarta, debido a que existe un intervalo entre la infección del VIH y la aparición de anticuerpos anti-VIH medibles (conocido como "período de ventana inmunológica"). Por lo tanto, si se sospecha que una persona tenga la infección aguda o la infección primaria por VIH y que por ende esté en el período de ventana inmunológica, un ELISA y un Western blot negativos no descartan este diagnóstico. Es necesario entonces realizar otras pruebas adicionales con carga viral de VIH o la prueba de antígeno p24.