| Algunos medicamentos son más efectivos en ambientes ácidos o alcalinos, por ejemplo: la estreptomicina, la neomicina y la kanamicina son más efectivas en el tratamiento de las infecciones del tracto urinario cuando la orina es alcalina. La presencia de cristales en la orina ácida sugiere que el paciente tiene predisposición a formar cálculos renales y su aparición se puede solucionar modificando el pH de la orina. La orina ácida se asocia con cálculos por xantina, cistina, ácido úrico y oxalato de calcio; en tanto que la orina alcalina se asocia con cálculos por carbonato de calcio, fosfato de calcio y fosfato de magnesio. El pH mide la acidez o la alcalinidad y se define como el logaritmo negativo de la concentración del ión (H+). Esta manipulación matemática permite medir la acidez en una escala conveniente de 0 a 14. El pH neutro (o sea, en la solución hay igual número de iones de hidrógeno y de hidróxilo, OH ) es 7,0. El pH del plasma y la mayor parte de los líquidos corporales se mantienen en un margen estrecho entre 7,35 a 7,45. Solamente en enfermedades graves el pH está un poco por debajo de 7,2 o cerca a 7,6 y las variaciones más alarmantes son incompatibles con la vida. El cuerpo mantiene el pH dentro de un margen estrecho por medio de la utilización de amortiguadores, que son químicos bases o ácidos suaves que pueden existir en dos formas. Estas formas alternativas se pueden convertir una en la otra a través de la absorción o liberación de iones de hidrógeno. El amortiguador más importante del cuerpo es el del sistema de amortiguación con bicarbonato: H+ + HCO3 <--> CO2 + H2O. El HCO3 está controlado por los riñones y el CO2 por los pulmones. Si existiera un problema con los riñones, los pulmones tratarían de compensarlo y viceversa. Sin embargo, este balance puede ser perjudicial si hay presencia, por ejemplo, de exceso de ácidos orgánicos que neutralizan el HCO3. El pH de la orina no se controla tan rígidamente como el de la sangre, y puede ser afectado por varios factores después de tomada la muestra. Por ejemplo, si el recipiente que contiene la orina permanece descubierto, el CO2 se escapa; por su parte, las bacterias por lo general incrementan el pH debido a que contienen enzimas que pueden descomponer la urea en amoníaco, el cual se combina luego con los iones de hidrógeno. En la mayoría de los casos, el pH sérico es una mejor medida del desequilibrio ácido-básico que el pH urinario, aunque este último también puede ser útil en algunos casos. Por ejemplo, en una acidosis respiratoria derivada de enfermedad pulmonar obstructiva crónica, los riñones (si son normales) intentan equilibrar el aumento del pH reabsorbiendo y sintetizando más bicarbonato, lo que conduce a una orina más ácida.
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