Se obtiene una muestra por medio de una EGD (esofagogastroduodenoscopia), una fibra óptica flexible que se introduce en el tracto digestivo hasta el duodeno con la finalidad de observar los órganos y obtener muestras. El examen también puede realizarse pasando una delgada sonda flexible hasta el intestino delgado. La posición de la sonda puede ser confirmada por el pH (equilibrio ácido básico) del líquido o mediante rayos X. Se aspira el líquido desde el duodeno, una vez que la sonda o la fibra óptica está en la posición correcta. El líquido es colocado en una lámina para microscopio y se tiñe para ser examinado.
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