Se recoge una muestra del paciente. Se pueden recolectar muestras de sangre, orina, heces, médula ósea o de tejidos, dependiendo de la ubicación de la supuesta infección. Después se envía dicha muestra a un laboratorio de microbiología para procesarla. Se coloca una pequeña porción de la muestra sobre una lámina portaobjetos de un microscopio, se le aplica un tinte a la lámina de vidrio y se calienta. Las células retienen el tinte. Luego se lava la lámina de vidrio con una solución ácida y se le aplica un contra tinte. Las bacterias que retienen el primer tinte son resistentes al ácido porque soportan el lavado. Las bacterias que se van con la lavada del primer tinte y toman el contra tinte no son resistentes al ácido.
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