No existe radiación ionizante involucrada en este procedimiento y no se han presentado efectos secundarios significativos documentados de los campos magnéticos y las ondas de radio utilizadas hasta la fecha en el cuerpo humano. El medio de contraste intravenoso más común, el gadolinio, es muy seguro y aunque ha habido reacciones alérgicas documentadas con relación a este elemento, es extremadamente raro que sucedan. Si se utilizan sedantes, se pueden presentar riesgos asociados con el exceso de éstos. El técnico vigila los signos vitales del paciente, incluyendo el ritmo cardíaco y la respiración en la medida de lo necesario.

Sin embargo, teniendo en cuenta que los efectos de los campos magnéticos fuertes sobre el feto no están bien documentados en este momento, a las embarazadas se les aconseja evitar los análisis por IRM.

Una IRM generalmente no se recomienda para situaciones de trauma agudo, debido a que la tracción y el equipo de soporte vital no se pueden ingresar de manera segura al área del escáner y los tiempos del rastreo son relativamente prolongados.

La IRM es más precisa que la TC u otros exámenes para ciertas condiciones, pero es menos precisa para otras. La función del intestino delgado y el intestino grueso no se puede visualizar fácilmente. Entre las desventajas están su alto costo, lo prolongado del examen y la sensibilidad al movimiento. La personas claustrofóbicas o que se encuentran confundidas o ansiosas pueden tener dificultades para pemanecer inmóviles por un período de tiempo relativamente prolongado. El equipo de IRM no es portátil (no se puede transportar hasta donde está el paciente, sino que éste debe ir hasta donde está el equipo) ni compatible con implantes metálicos, equipos de soporte vital, aparatos de tracción ni equipos similares.

La IRM es superior a otros exámenes en la mayoría de los casos en los que sea necesario la diferenciación de los tejidos blandos. Tiene la ventaja de que se pueden visualizar los órganos sin la obstaculización producida por los huesos y cuerpos extraños. Además, es capaz de mostrar los tejidos desde múltiples planos y es una forma no invasiva de evaluar el flujo sanguíneo.