Existe la posibilidad de riesgos significativos asociados con la angiografía pulmonar, al igual que una reacción al medio de contraste. Asimismo, existe la posibilidad de un pequeño riesgo de lesionar la vena con un catéter y de que un coágulo de sangre viaje al pulmón, ocasionando una embolia. De igual manera, un coágulo o una hemorragia excesiva en el área de la punción pueden causar un bloqueo parcial del flujo sanguíneo a la pierna. La exposición a la radiación es poca. Los rayos X son vigilados y regulados para suministrar la mínima cantidad de exposición a la radiación necesaria para producir una imagen. La mayoría de los expertos piensan que los riesgos con estos rayos son bajos si se compara con los beneficios. Las mujeres embarazadas y los niños son los más sensibles a los riesgos de la exposición a los rayos X.
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