Los riesgos son esencialmente los mismos que ofrecen los rayos X (radiación) y las punciones con agujas.

Hay una pequeña exposición a la radiación proveniente del radioisótopo. Los radioisótopos que se utilizan en este examen tienen una vida media corta y toda la radiación desaparece del organismo en unos pocos días; sin embargo, como sucede con cualquier exposición a la radiación, se recomienda tener precaución con las mujeres embarazadas o que están lactando. El escáner no emite ninguna radiación, sino que la detecta y la convierte en una imagen visible.

Hay un riesgo leve de infección y sangrado cada vez que se coloca una aguja en el cuerpo. El riesgo es igual al someterse a una gammagrafía de perfusión que a la aplicación de una inyección intravenosa para cualquier otro propósito.

En ocasiones extremadamente raras, la persona puede presentar una reacción alérgica al radioisótopo que puede incluir una reacción anafiláctica severa.

Una gammagrafía de ventilación/perfusión puede ser una alternativa de menor riesgo a la angiografía pulmonar para la evaluación de los trastornos del suministro sanguíneo a los pulmones.

Es posible que los exámenes no arrojen un diagnóstico absoluto, en especial en las personas que tienen una enfermedad pulmonar subyacente y es posible que se requieran otros exámenes para confirmar o descartar los hallazgos hechos a través de una gammagrafía pulmonar de ventilación/perfusión.