Los riesgos son esencialmente los mismos que ofrecen los rayos X (radiación) y las punciones con agujas.

Hay una ligera exposición a la radiación proveniente del radioisótopo, el cual contiene yodo, por lo cual se toman precauciones como la administración de la solución de Lugol para prevenir su captación excesiva por parte de la tiroides. Se presenta una exposición significativa de la glándula suprarrenal a la radiación y el examen no se debe realizar en mujeres embarazadas, dado el peligro que la radiación supone para el feto.

Hay un riesgo de infección cada vez que se realiza una punción en el cuerpo por ejemplo con una aguja. Igualmente, la aplicación de una inyección en una vena conlleva un ligero riesgo de sangrado. El riesgo que ofrece la realización de la gammagrafía no es mayor al riesgo que produce la aplicación de una inyección intravenosa de cualquier tipo.

El radioisótopo es costoso y es posible que no esté disponible en todas las instituciones médicas. La persona debe estar en capacidad de regresar para la obtención de imágenes posteriores (1 a 3 días después).